Malgrado siano state formulate numerose ed originali ipotesi, l’eziologia del criptorchidismo è ancora ignota.
Rimanendo comunque il testicolo in cavità addominale o nel canale inguinale, si instaurano nell’organo alterazioni macroscopiche (minor volume, minor consistenza, forma atipica, ecc-vedi foto a lato) ed istologiche (regressione della linea seminale) che tendono ad un graduale peggioramento fino a diventare irreversibili dopo un certo tempo di permanenza nelle sedi ricordate.
 
Ciò, molto probabilmente, è legato alla diversità di temperatura fra la normale loggia testicolare ed il cavo addominale od inguinale. L’attività ormonale sembra invece non risentire della permanenza in sede diversa del testicolo.
Nella foto a lato è possibile osservare nel testicolo di sinistra (per l’appunto quello criptorchide) una notevole riduzione del volume e l’alterazione dell’epididimo decisamente più voluminoso del controlaterale correttamente ubicato nella loggia scrotale.